Clusterprofile多分组富集分析及可视化
scRNA-Seq | 单细胞功能注释和富集分析(GO、KEGG、GSEA) - 简书 (jianshu.com)
R语言clusterProfiler包GO富集分析(enrichplot包、GOplot包和ggplot2绘图) - 简书 (jianshu.com)
eG <- enrichGO(gene = g_list, #需要分析的基因的EntrezID
OrgDb = org.Hs.eg.db, #人基因数据库
pvalueCutoff =0.01, #设置pvalue界值
qvalueCutoff = 0.01, #设置qvalue界值(FDR校正后的p值)
ont="all", #选择功能富集的类型,可选BP、MF、CC,这里选择all。
readable =T)
富集分析的类型可选BP(biological process)、MF(molecular function)、CC(Cellular Component)。